No hay que confundir super y súper. Vayamos por partes.

Super es un prefijo. Se escribe unido a la palabra a la que afecta y sin tilde:

(1) Este método para aprender arameo es supereficaz

(2) Se va a limitar mucho la aplicación del IVA superreducido

(3) Hay un supertrén que te lleva en media hora al aeropuerto

Los ejemplos de arriba tienen algunas particularidades que conviene comentar. Cuando super se une a una palabra que empieza por erre, se acumulan las dos erres, como en (2). Hay que tener cuidado cuando se lo añadimos a un monosílabo porque puede alterar la acentuación ortográfica (3).

Es una falta de ortografía escribir super separado o con guion. Solo hay dos excepciones. Se escribe separado cuando afecta a una secuencia completa de palabras:

(4) Estoy super a gusto aquí tumbado rascándome la barriga

Se escribe con guion cuando se une a una sigla (5) o a una cifra (6):

(5) Con estas medidas, la CIA se convertiría en una especie de super-CIA

(6) De pequeños, nuestro padre nos grababa con una cámara de super-8

Hemos dicho al principio que super no lleva tilde y tampoco se la debemos poner en estos casos.

Súper con tilde, en cambio, es una palabra independiente que puede tener varios valores. Frecuentemente es el acortamiento de supermercado:

(7) Tráeme dos o tres kilos de naranjas del súper

El plural de este sustantivo es invariable (los súper). Constituye, por tanto, una excepción a la regla de formación del plural de las palabras terminadas en -r.

Después tenemos la gasolina súper (que, como sabemos, está cada día más cara):

(8) Póngame sesenta pesos de súper

En algunos países también se la conoce como nafta súper.

Y, por último, existe un adjetivo que viene a significar algo así como ‘fantástico, estupendo’:

(9) Ay, ¿no te has enterado? Patricia tiene un novio súper.

Conviene diferenciar cuidadosamente super y súper. Escribir el primero separado o con tilde no solo es una falta de ortografía, sino que afea mucho la escritura.